Per chi avesse perso il filo (sono sicuro che non sarà successo a nessuno
) ecco il riassuntone del 3.0
Asuka a bordo del suo Eva-02 e Mari nell’Eva-08, sono in missione per conto della Wille, allo scopo di recuperare l’Eva-01, che la Nerv ha sigillato in un sarcofago e abbandonato nello spazio, con Shinji ancora disciolto al suo interno. Non appena l’Eva-02 si avvicina al sarcofago viene attaccato da un sistema di sicurezza messo a punto dalla Seele e stanziato a guardia dell’Eva-01, il dispositivo possiede tutte le caratteristiche di un angelo, tra cui la capacità di sviluppare un anti-A.T. Field e l’immancabile blood pattern: blue.
Dopo 14 anni disciolto all’interno dell’Eva, Shinji dà il primo segno di vita quando Asuka invoca il suo aiuto e l’Eva-01 si risveglia, spezza il sigillo e fa fuori la bestia con un raggio laser che irradia dal suo occhio. L’Eva-01 precipita sulla terra e Kaworu dà il bentornato a Shinji, a bordo del Wunder, la nave da battaglia nonché quartier generale della Wille.
L’equipe estrae il corpo di Shinji dall’Eva e lo sottopone a una serie di esami e controlli, per accertarsi che sia veramente lui. Anche se sono passati 14 anni, per Shinji il tempo si è fermato nel momento in cui è riuscito a ricongiungersi con Rei, e il ritorno al mondo reale è a dir poco traumatico: non capisce dove si trova, è circondato da estranei e non c’è traccia di Ayanami.
Shinji ritrova Misato che, ormai profondamente cambiata, sembra tutt’altro che felice di rivederlo e lo tratta con freddezza. Quando Shinji le chiede di Ayanami, gli risponde che Rei "non esiste più".
Il ragazzo è sempre più confuso e nessuno sembra avere il tempo o la volontà di chiarire i suoi dubbi; entra in scena Asuka, e anche lei non è per niente entusiasta del ritorno di Shinji. In effetti, la sua prima reazione quando lo vede è quella di scagliare un pugno contro il vetro di protezione che li separa, per sfogare la rabbia e il dolore accumulati nel corso degli anni. Viene anche spiegato che, a causa di una non specificata maledizione degli Eva, Asuka e Mari non sono invecchiate e hanno ancora l'aspetto che avevano nel 2015.
Inoltre, attorno al collo di Shinji è stato installato un collare esplosivo. Lui chiede a Misato di rimuoverlo, ma lei è irremovibile, e Ritsuko gli spiega lo scopo e il funzionamento del collare. Shinji apprende pure che Misato e gli altri non lavorano più per la Nerv, ma per un’organizzazione che ha lo scopo di distruggerla, la Wille. Shinji conosce anche Sakura Suzuhara, sorella minore del suo amico Toji, membro della Wille nonché l'unica che lo tratta amichevolmente.
Shinji chiede ancora di Ayanami, ma gli viene risposto che è stata effettuata un’ispezione completa dell’Eva e che non è stato trovato nulla, a parte il lettore S-Dat. L’equipaggio del Wunder è poi impegnato a fronteggiare l'attacco da parte di un’altra squadra di pseudo-angeli creati dalla Seele, la Nemesis Series.
Mari e Asuka devono combattere la squadra avversaria e Shinji si offre di salire a bordo dell’Eva-01 per aiutarle, ma viene subito bloccato da Misato.
Gli attacchi da parte della Nerv sono efficaci, e il Wunder è costretto alla ritirata, ma questa volta il capitano Katsuragi ha ben altri progetti.
L’ultimo piano assurdo di Misato, infatti, è anche il vero scopo del recupero dello 01, ovvero rendere l’Eva la fonte di alimentazione principale del Wunder, grazie all’elemento S2, in modo che fornisca energia illimitata per la nave, permettendole anche di volare.
Nonostante le difficoltà della battaglia, col Wunder che rischia di essere distrutto insieme all’intero equipaggio, Asuka riesce a completare l’installazione del nuovo motore giusto in tempo, e il Wunder acquisisce una potenza straordinaria che gli permette di spiccare il volo e annientare i Nemesis Series.
Proprio quando Shinji si trova all’apice della confusione e dell’angoscia, il Wunder subisce un nuovo attacco da parte del Mark.09, il gemello cattivo dell’Eva-00 pilotato da Rei. Shinji si ritrova faccia a faccia con quello che crede il vecchio Eva-00, e sente la voce di Rei che lo chiama: "Dove sei, Ikari-kun?".
A quel punto, essendo sempre più confuso, stanco di essere trattato con tanta ostilità e lasciato senza spiegazioni, convinto che tutti gli abbiano mentito sul conto di Ayanami, Shinji lascia che il Mark.09 lo porti via. Misato minaccia Shinji di utilizzare il collare DSS, ma alla fine non ha il coraggio di ucciderlo e lascia che il ragazzo se ne vada con Rei.
Ayanami conduce Shinji al Geofront e questi ritrova il comandante Ikari e il vicecomandante Fuyutsuki, inoltre viene condotto al cospetto della nuova unità Eva-13. Ad accogliere Shinji c’è Gendo che, dopo 14 anni di separazione, lo saluta con la stessa freddezza che da sempre contraddistingue il loro rapporto.
Shinji viene abbandonato a se stesso e si aggira per la base abbandonata in cerca di Rei, con cui spera di ristabilire un rapporto e ottenere risposte, ma la ragazza è fredda e distaccata e non sembra ricordare nulla del suo passato o di come lui l’abbia tratta in salvo.
Continuando a camminare attraverso il Geofront, Shinji si imbatte in un pianoforte e nel misterioso ragazzo che ha intravisto al suo arrivo e col quale gli è stato ordinato di pilotare l’Eva-13.
Il ragazzo si presenta come Kaworu Nagisa e gli propone di eseguire insieme un duetto al pianoforte.
I due dimostrano subito un affiatamento incredibile, ma è evidente che si tratta di uno stratagemma per sottolineare come i due ragazzi entrino subito in sintonia, come se non fosse la prima volta che si incontrano.
Il giorno seguente, Shinji si reca di nuovo da Kaworu, l’unica persona che gli stia vicino e che gli si dimostri amica. Grazie a lui, Shinji incomincia a recuperare un po’ di fiducia, ma non ha avuto delle risposte, vuole capire cos’è successo durante i suoi 14 anni di assenza, così Kaworu acconsente a mostrargli lo stato in cui versa la Terra dopo il Near Third Impact.
Shinji incontra Fuyutsuki, che lo invita a giocare a shogi, ma durante la partita l'uomo gli rivela la verità su sua madre e sulla serie delle Rei Ayanami, e afferma che la Rei del 2.0 si trova ancora nell’Eva-01. Kaworu e Shinji devono pilotare insieme l’Eva-13 e devono usare la Lancia di Longinus e la Lancia di Cassius (quella del 2.0) conservate nel Central Dogma, per riportare il mondo allo stadio precedente al Near Third Impact. Kaworu rimuove il collare DSS dal collo di Shinji e lo indossa al suo posto, permettendogli così di salire a bordo dell’Eva senza rischiare di saltare in aria.
Il Dogma è stato protetto da una speciale barriera simile a una membrana per gli ultimi 14 anni, e i pavimenti sono completamente ricoperti di enormi teschi, con una croce rossa al centro. Giunti a destinazione, Kaworu e Shinji si ritrovano al cospetto di Lilith, che è stata infilzata dalla lancia di Longinus, decapitata e ora il suo corpo è in decomposizione. C'è anche il Mark.06, in un evidente stato di degrado e a sua volta trafitto da una lancia del tutto simile all’altra.
Kaworu spiega che di Lilith non è rimasto che il cadavere, mentre il Mark.06 è ridotto in quello stato a causa dello sfruttamento da parte dei Lilin. Fanno la loro comparsa nel Central Dogma, a bordo dei rispettivi Eva, Mari e Asuka. Shinji e Asuka si affrontano in battaglia, mentre Kaworu è ancora immerso in profonda meditazione. Shinji riesce ad avere la meglio e si avvicina alle lance, ma Kaworu gli intima di fermarsi (si tratta di due lance di Longinus, ed estrarle significherebbe dare l’avvio al Fourth Impact), perché ha capito di essere stato una pedina nelle mani di Gendo e della Seele per tutto il tempo. Ignorando Kaworu, Shinji taglia l’alimentazione alla sua entry plug, escludendolo così dal sistema di pilotaggio per impedirgli di interferire, ed estrae le lance. Lilith esplode e provoca il risveglio del 12° Angelo che era stato sigillato al suo interno. Morto il 12° Angelo, Kaworu diventa il 13° Angelo, colui che innescherà il Fourth Impact. Il collare DSS attorno al suo collo inizia a lampeggiare, rilevando il diagramma d’onda: blu. Le lance di Longinus trafiggono i palmi dell’Eva-13, la Camera del Guf si è aperta e l’unico modo per arrestare il processo è eliminarne la causa, ovvero Kaworu, destinato a sacrificarsi per trarre in salvo l’umanità. Il collare DSS attorno al collo di Kaworu si attiva ed esplode, Shinji disperato lo vede morire in modo atroce attraverso il vetro che separa le entry plug. Nel frattempo il Wunder accorre in aiuto di Asuka e Mari ma il Mark.09 cerca di penetrare nel suo sistema di controllo e assumerne il comando grazie a un programma di hacking messo a punto dalla Seele. Per fermarlo, Asuka è costretta a ricorrere all’autodistruzione del suo Eva, che abbandona appena in tempo. Il processo non si arresta, ma Mari riesce ad estrarre l’entry plug dell’Eva-13 e il Fourth Impact si interrompe. L’Eva-08 viene recuperato dal Wunder, che si allontana, e Asuka raggiunge l’entry plug di Shinji, dove trova il ragazzo rannicchiato sul fondo, in silenzio. Asuka si infuria, lo afferra per il polso e lo trascina fuori.
Insieme a loro c’è anche Rei, uscita incolume dalla battaglia. I tre si incamminano attraverso il deserto rosso scomparendo all'orizzonte.
